En el año 1996 se creó la idea de formar esta institución  por la Licenciada Narcisa Delgado Navarrete,  quien después de  adquirir sus conocimientos en la Universidad Laica Eloy Alfaro (ULEAM) quiso  poner en práctica este proyecto. Ante las múltiples necesidades educativas del Cantón Puerto López se emprendió un minucioso estudio que dio como resultado la importancia de profundizar técnicamente el trabajo de los niños del jardín y  del primer año básico. Se adquirió un terreno en un lugar propicio para la recreación y la seguridad del estudiante, rodeado con  espacios verdes y alejado del tránsito vehicular.

El primer terreno fue de 20×40 metros cuadrado y, a base de sacrificio se fuè adquiriendo otro terreno de 10×20 para mayor amplitud, por último para abarcar de una cuadra otra se logró comprar la última parte de 20×53 metros. En primera instancia el cerramiento se hizo de caña debido al poco presupuesto, la primera aula se construyó de 4×12 metros cuadrado financiado por una microempresa de anímelas de tagua que en ese tiempo pertenecía a  su actual Director Mariano Lino Caicedo.

Mediante un censo realizado por la Profesora Narcisa Delgado en el sector, se pudo obtener 10 estudiantes, esto por la falta de vivienda en los barrios cercanos,  se destaca la confianza que depositaron los 10 padres de familia de esta comunidad. Se empezó en el año 1999 con 6 niños de primer año básica y 4 de segundo, estando al frente la Profesora Narcisa Delgado Navarrete como maestra y directora a la vez.

En primera instancia se le puso como nombre Escuela Particular Mixta “LIDEL” por dos ilustres hombres que lucharon humilde y desinteresadamente por el progreso de sus pueblos “LI” que significa  Lino en homenaje al extinto Sr. Cornelio Lino Baque de Puerto López un hombre muy firme en sus decisiones; y “DEL” que significa Delgado en homenaje al extinto Sr. Arnaldo Delgado Arcentales hombre reconocido en el ámbito deportivo y cultural de Manta. Luego se une como Profesor el Licenciado Mariano Lino Caicedo esposo de la Profesora Narcisa Delgado impartiendo clases en el 3er grado y así avanzar con los demás años básicos. A través de los años se cambió el nombre de la institución por el de 26 de septiembre, ya que la profesora Deidamia Jaramillo nos otorga el permiso correspondiente con el cambio de Director, el Sr. Bolívar Germán Cajas supervisor Provincial de Educación de Manabí emite su criterio favorable con respecto al pedido de dicha profesora permiso correspondiente al número de acuerdo 025-DT.

El sistema educativo ha generado cambios con el pasar de los tiempos, con el único objetivo de ir desarrollándose y enfocando al éxito del aprendizaje; a través de la constitución del año 2008, por medio de la Ley Orgánica de Educación Intercultural (LOEI), y el Plan Nacional de Desarrollo para el Buen Vivir. Para el periodo lectivo 2020-2021, la población mundial estuvo en una de las peores catástrofe sanitaria como lo es la pandemia del covid -19 que mató millones de personas a nivel mundial, las cuales afecto en todos los sistemas de vida de las personas, sean estas laborales, educativas, etc., esto ocasionó el confinamiento en dos etapas. En el sistema educativo fue uno de los más perjudicados, el cual causó que se impartieran las clases de forma virtual por dos años consecutivos, donde el aprendizaje mermó en un 50% en comparación de la presencial, causando un déficit de conocimiento en todas las áreas de la educación. Posterior a esto, una vez finalizada la pandemia se regresó a las clases presenciales, realizando un diagnostico a los dos años de pandemia y dando como resultado en los estudiantes daños físicos y psicológicos, motivos por el cual se trabajó en el área emocional entre otras. Iniciando el siguiente año lectivo pos pandemia, se retomó con mayor confianza y alegría en los alumnos y demostrando la superación a los daños causados por dicha pandemia.